راه حل تشخیصی TB و DR -TB توسط #macro & micro -test!

یک سلاح جدید برای تشخیص سل و تشخیص مقاومت به دارو: توالی هدفمند نسل جدید (TNG) همراه با یادگیری ماشین برای تشخیص حساسیت سل

گزارش ادبیات: CCA: یک مدل تشخیصی مبتنی بر TNG و یادگیری ماشین ، که برای افرادی که دارای سل باکتریایی کمتری هستند و مننژیت سل مناسب است.

عنوان پایان نامه: ترتیب توالی نسل بعدی و یادگیری ماشین با هدف: یک استراتژی تشخیصی فوق العاده حساس برای لوله های ریوی کمرنگ و مننژیت توبولار.

دوره ای: 《کلینیکا Chimica Acta

اگر 6.5 پوند

تاریخ انتشار: ژانویه 2024

همراه با دانشگاه آکادمی علوم چین و بیمارستان پکن در دانشگاه پزشکی سرمایه ، کلان و میکرو تست یک مدل تشخیص سل را بر اساس نسل جدید فناوری توالی هدفمند (TNGS) و روش یادگیری ماشین ایجاد کرد ، که ارائه می دهد ، که فوق العاده بالایی را ارائه می دهد. حساسیت تشخیص برای سل با باکتری های اندک و مننژیت سل ، یک روش تشخیص حساسیت جدید برای تشخیص بالینی دو نوع سل ، و به تشخیص دقیق ، تشخیص مقاومت در برابر دارو و درمان سل کمک کرد. در عین حال ، مشخص شده است که CFDNA پلاسما بیمار می تواند به عنوان یک نمونه نمونه مناسب برای نمونه گیری بالینی در تشخیص TBM استفاده شود.

در این مطالعه ، 227 نمونه پلاسما و نمونه های مایع مغزی نخاعی برای ایجاد دو گروه بالینی مورد استفاده قرار گرفتند که در آن از نمونه های گروهی تشخیصی آزمایشگاهی برای ایجاد مدل یادگیری دستگاه تشخیص سل استفاده شد و از نمونه های گروهی تشخیصی بالینی برای تأیید مشخص شده استفاده شد. مدل تشخیصی. تمام نمونه ها برای اولین بار توسط یک استخر کاوشگر ضبط هدف ویژه برای مایکوباکتریوم توبرکلوزیس هدف قرار گرفتند. سپس ، بر اساس داده های توالی TB-TNGS ، از مدل درخت تصمیم گیری برای انجام اعتبار سنجی متقاطع 5 برابر در مجموعه آموزش و اعتبار سنجی صف تشخیص آزمایشگاهی استفاده می شود و آستانه های تشخیصی نمونه های پلاسما و نمونه های مایع مغزی نخاعی بدست می آیند. آستانه به دست آمده در دو مجموعه آزمایشی از صف تشخیص بالینی برای تشخیص قرار می گیرد و عملکرد تشخیصی یادگیرنده توسط منحنی ROC ارزیابی می شود. سرانجام ، مدل تشخیص سل به دست آمد.

شکل 1 نمودار شماتیک طراحی تحقیق

یافته ها: با توجه به آستانه های خاص نمونه DNA CSF (AUC = 0.974) و نمونه cfDNA پلاسما (AUC = 0.908) که در این مطالعه تعیین شده است ، در بین 227 نمونه ، حساسیت نمونه CSF 97.01 ٪ بود ، ویژگی آن 95.65 ٪ و بود حساسیت و ویژگی نمونه پلاسما 61 /82 ٪ و 86.36 ٪ بود. در تجزیه و تحلیل 44 نمونه زوج از cfDNA پلاسما و DNA مایع مغزی نخاعی از بیماران TBM ، استراتژی تشخیصی این مطالعه دارای قوام بالایی از 90.91 ٪ (40/44) در cfDNA پلاسما و DNA مایع مغزی نخاعی است ، و حساسیت 95.45 ٪ است (42/44). در کودکان مبتلا به سل ریوی ، استراتژی تشخیصی این مطالعه نسبت به نتایج تشخیص XPERT نمونه های آب معده از همان بیماران (5/28 درصد در مقابل 15.38 ٪) نسبت به نمونه های پلاسما حساس تر است.

شکل 2 تجزیه و تحلیل عملکرد مدل تشخیص سل برای نمونه های جمعیت

شکل 3 نتایج تشخیصی نمونه های زوج

نتیجه گیری: در این مطالعه یک روش تشخیصی حساس برای سل ایجاد شد که می تواند یک ابزار تشخیصی با بالاترین حساسیت تشخیص برای بیماران بالینی مبتلا به سل الیگوباسیل (کشت منفی) فراهم کند. تشخیص سل حساس بر اساس cfDNA پلاسما ممکن است یک نوع نمونه مناسب برای تشخیص سل فعال و مننژیت سل باشد (نمونه های پلاسما برای بیمارانی که مشکوک به سل مغزی هستند ، جمع آوری راحت تر از مایع مغزی نخاعی است).

پیوند اصلی: https://www.scienceirect.com/science/article/pii/s0009898123004990؟ از طریق ٪ 3dihub

معرفی مختصر محصولات تشخیص سری سل ماکرو و میکرو تست

با توجه به وضعیت نمونه پیچیده بیماران سل و نیازهای مختلف ، کلان و میکرو تست مجموعه کاملی از راه حل های NGS را برای استخراج مایع از نمونه های خلط ، ساخت و ترتیب توالی کتابخانه Qualcomm و تجزیه و تحلیل داده ها فراهم می کند. این محصولات تشخیص سریع بیماران سل ، تشخیص مقاومت به دارو از سل ، تایپ مایکوباکتریوم توبرکلوزیس و NTM ، تشخیص حساسیت به سل و افراد با باکتری منفی و افراد سل و غیره را پوشش می دهد.

کیت های تشخیص سریال برای سل و مایکوباکتری ها:

شماره مورد	نام محصول	محتوای آزمایش محصول	نوع نمونه	مدل قابل اجرا
HWTS-3012	عامل انتشار نمونه	مورد استفاده در درمان مایع نمونه های خلط ، شماره رکورد درجه یک ، تجهیزات ماشین آلات Sutong 20230047 را بدست آورده است.	خلط
HWTS-NGS-P00021	کیت تشخیص مقدار Qualcomm برای سل حساسیت حساس (روش ضبط پروب)	تشخیص حساسیت غیر تهاجمی (بیوپسی مایع) برای سل ریوی منفی باکتری و گره های مغز. نمونه افرادی که مظنون به آلوده به توبرکلوزیس یا غیر سل مایکوباکتریها هستند با استفاده از توالی با توالی بالا و متاژنومیک مورد بررسی قرار گرفتند ، و اطلاعات تشخیصی که آیا توبرکلوزیس یا مایکوباکتری های غیر سل آلوده شده اند و اطلاعات اصلی مقاومت به داروهای خط اول Mycobacterium tuberculosis ارائه شد	خون محیطی ، مایع لاواژ آلوئولار ، هیدروتوراکس و آسیت ، نمونه سوراخ تمرکز ، مایع مغزی نخاعی.	نسل دوم
HWTS-NGS-T001	کیت تشخیص تایپ مایکوباکتریوم و مقاومت در برابر دارو (روش توالی تقویت تقویت کننده))	تست تایپ مایکوباکتریوم ، از جمله MTBC و 187 NTM；تشخیص مقاومت به دارو از مایکوباکتریوم توبرکلوزیس شامل 13 دارو و 16 محل جهش هسته ژنهای مقاومت به دارو است.	خلط ، مایع لاواژ آلوئولار ، هیدروتوراکس و آسیت ، نمونه سوراخ تمرکز ، مایع مغزی نخاعی.	بستر دوتایی نسل دوم/سوم

نکات برجسته: HWTS-NGS-T001 مایکوباکتریوم تایپ کردن و کیت تشخیص مقاومت در برابر دارو (روش تقویت چند برابر)

معرفی محصول

این محصول مبتنی بر داروهای اصلی خط اول و دوم است که در دستورالعمل های درمان سل WHO ، ماکرولیدها و آمینوگلیکوزیدها که معمولاً در دستورالعمل های درمانی NTM استفاده می شوند ، شرح داده شده است ، و سایت های مقاومت به دارو همه یک گروه از سایت های مربوط به مقاومت در برابر دارو را پوشش می دهند کاتالوگ جهش پیچیده مایکوباکتریوم توبرکلوزیس ، و همچنین سایر ژنهای مقاومت به دارو و سایت های جهش با توجه به تحقیقات و آمار امتیاز دهی بالا ادبیات در داخل و خارج از کشور.

شناسایی تایپ بر اساس سویه های NTM خلاصه شده در دستورالعمل های NTM منتشر شده توسط مجله چینی سل و بیماری های تنفسی و اجماع متخصصان. آغازگرهای تایپ طراحی شده می توانند بیش از 190 گونه NTM را تقویت ، توالی و حاشیه نویسی کنند.

از طریق فناوری تقویت کننده PCR چند برابر شده هدفمند ، ژنهای ژنوتیپ و ژنهای مقاوم به دارو از مایکوباکتریوم با استفاده از PCR چند برابر تقویت شدند و ترکیب آمپلیکون ژنهای هدف برای شناسایی بدست آمد. محصولات تقویت شده را می توان در کتابخانه های توالی با توان نسل دوم یا نسل سوم ساخت ، و کلیه سیستم عامل های توالی نسل دوم و نسل سوم می توانند برای به دست آوردن اطلاعات دنباله ژنهای هدف ، در توالی عمق بالا قرار بگیرند. با مقایسه با جهش های شناخته شده موجود در پایگاه داده مرجع داخلی (از جمله کاتالوگ جهش پیچیده Mycobacterium tuberculosis WHO و ارتباط آن با مقاومت به دارو) ، جهش های مربوط به مقاومت به دارو یا حساسیت داروهای ضد سل مشخص شد. همراه با محلول درمان نمونه خلط خود باز شده از آزمون ماکرو و میکرو ، مشکل بازده تقویت اسید نوکلئیک کم نمونه های خلط بالینی (ده برابر بیشتر از روشهای سنتی) حل شد ، به طوری که تشخیص توالی مقاومت در برابر دارو می تواند باشد به طور مستقیم در نمونه های خلط بالینی اعمال می شود.

دامنه تشخیص محصول

34ژنهای مربوط به مقاومت به دارو از18داروهای ضد سل و6داروهای NTM شناسایی شدند که پوشش داده شد297سایت های مقاومت به دارو ؛ ده نوع مایکوباکتریوم توبرکلوزیس و بیش از190انواع NTM تشخیص داده شد.

جدول 1: اطلاعات مربوط به 18+6 دارو+190+NTM

مزیت محصول

سازگاری بالینی قوی: نمونه های خلط را می توان مستقیماً با ماده خود انتخاب بدون کشت تشخیص داد.

عملیات آزمایشی ساده است: دور اول عملیات تقویت ساده است و ساخت کتابخانه در 3 ساعت به پایان می رسد که باعث افزایش کارایی کار می شود.

تایپ جامع و مقاومت در برابر دارو: پوشش سایت های تایپ و مقاومت به دارو MTB و NTM ، که نکات اصلی نگرانی بالینی ، تایپ دقیق و تشخیص مقاومت در برابر دارو ، پشتیبانی از نرم افزار تجزیه و تحلیل مستقل و تولید گزارش های تجزیه و تحلیل با یک کلیک است.

سازگاری: سازگاری محصول ، سازگاری با سیستم عامل های اصلی ILM و MGI/ONT.

مشخصات محصول

رمز محصول	نام محصول	سکوی تشخیص	مشخصات
HWTS-NGS-T001	کیت تشخیص تایپ مایکوباکتریوم و مقاومت در برابر دارو (روش تقویت چند برابر)	ont 、 Illumina 、 MGI 、 Salus pro	16/96rxn