راه حل پیشگامانه تشخیص سل و DR-TB توسط #تست ماکرو و میکرو!

سلاحی جدید برای تشخیص سل و تشخیص مقاومت دارویی: توالی یابی هدفمند نسل جدید (tNGS) همراه با یادگیری ماشینی برای تشخیص حساسیت بیش از حد سل

گزارش ادبیات: CCa: یک مدل تشخیصی مبتنی بر tNGS و یادگیری ماشینی که برای افراد مبتلا به سل باکتریایی کمتر و مننژیت سلی مناسب است.

عنوان پایان نامه: توالی یابی نسل بعدی با هدف سل و یادگیری ماشینی: یک استراتژی تشخیصی فوق حساس برای لوله های ریوی پاوسفیک و مننژیت لوله ای.

دوره ای: 《Clinica Chimica Acta》

IF：6.5

تاریخ انتشار: ژانویه 2024

ماکرو و میکرو تست در ترکیب با دانشگاه آکادمی علوم چین و بیمارستان سینه پکن دانشگاه پزشکی کپیتال، یک مدل تشخیص سل را بر اساس نسل جدید فناوری توالی‌یابی هدفمند (tNGS) و روش یادگیری ماشینی ایجاد کرد که بسیار بالا ارائه کرد. حساسیت تشخیص سل با تعداد کمی از باکتری ها و مننژیت سلی، یک روش جدید تشخیص حساسیت مفرط برای تشخیص بالینی دو نوع سل ارائه کرد و به تشخیص دقیق، تشخیص مقاومت دارویی و درمان سل کمک کرد.در عین حال، مشخص شد که cfDNA پلاسمایی بیمار می تواند به عنوان یک نوع نمونه مناسب برای نمونه گیری بالینی در تشخیص TBM استفاده شود.

در این مطالعه، از 227 نمونه پلاسما و مایع مغزی نخاعی برای ایجاد دو گروه بالینی استفاده شد که در آن از نمونه‌های همگروهی تشخیصی آزمایشگاهی برای ایجاد مدل یادگیری ماشینی تشخیص سل استفاده شد و از نمونه‌های کوهورت تشخیصی بالینی برای تأیید وضعیت ایجاد شده استفاده شد. مدل تشخیصیتمام نمونه‌ها ابتدا توسط یک استخر کاوشگر جذب هدفمند طراحی شده برای مایکوباکتریوم توبرکلوزیس مورد هدف قرار گرفتند.سپس، بر اساس داده‌های توالی‌یابی TB-tNGS، از مدل درخت تصمیم برای انجام اعتبارسنجی متقاطع 5 برابری روی مجموعه‌های آموزشی و اعتبارسنجی صف تشخیص آزمایشگاهی استفاده می‌شود و آستانه‌های تشخیصی نمونه‌های پلاسما و نمونه‌های مایع مغزی نخاعی به‌دست می‌آیند.آستانه به‌دست‌آمده برای تشخیص در دو مجموعه آزمایشی صف تشخیص بالینی آورده می‌شود و عملکرد تشخیصی یادگیرنده با منحنی ROC ارزیابی می‌شود.در نهایت مدل تشخیص سل به دست آمد.

شکل 1 نمودار شماتیک طرح تحقیق

یافته‌ها: با توجه به آستانه‌های اختصاصی نمونه DNA CSF (974/0 = AUC) و نمونه cfDNA پلاسما (908/0 = AUC) تعیین‌شده در این مطالعه، از بین 227 نمونه، حساسیت نمونه CSF 01/97 درصد، ویژگی آن 65/95 درصد بود. حساسیت و ویژگی نمونه پلاسما 61/82 درصد و 36/86 درصد بود.در تجزیه و تحلیل 44 نمونه جفت cfDNA پلاسما و DNA مایع مغزی نخاعی از بیماران TBM، استراتژی تشخیصی این مطالعه دارای قوام بالای 90.91٪ (40/44) در cfDNA پلاسما و DNA مایع مغزی نخاعی و حساسیت 95.45٪ است. (42/44).در کودکان مبتلا به سل ریوی، استراتژی تشخیصی این مطالعه به نمونه‌های پلاسما حساس‌تر از نتایج تشخیص Xpert نمونه‌های شیره معده از همان بیماران است (57/28 درصد در مقابل 38/15 درصد).

شکل 2 عملکرد تجزیه و تحلیل مدل تشخیص سل برای نمونه های جمعیت

شکل 3 نتایج تشخیصی نمونه های جفت شده

نتیجه گیری: در این مطالعه یک روش تشخیصی فوق حساس برای سل ایجاد شد که می تواند ابزار تشخیصی با بالاترین حساسیت تشخیصی برای بیماران بالینی مبتلا به سل اولیگوباسیلاری (کشت منفی) ارائه دهد.تشخیص سل با حساسیت بیش از حد بر اساس cfDNA پلاسما ممکن است نوع نمونه مناسبی برای تشخیص سل فعال و مننژیت سلی باشد (نمونه های پلاسما برای بیماران مشکوک به سل مغز راحت تر از مایع مغزی نخاعی جمع آوری می شود).

لینک اصلی: https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/s0009898123004990؟از طریق% 3Dihub

معرفی مختصر محصولات تشخیص سل سری Macro & Micro-Test

با توجه به وضعیت پیچیده نمونه بیماران سل و نیازهای مختلف، Macro & Micro-Test مجموعه کاملی از محلول‌های NGS را برای استخراج مایع‌سازی از نمونه‌های خلط، ساخت و توالی‌یابی کتابخانه Qualcomm و تجزیه و تحلیل داده‌ها ارائه می‌کند.محصولات شامل تشخیص سریع بیماران سل، تشخیص مقاومت دارویی سل، تایپ مایکوباکتریوم توبرکلوزیس و NTM، تشخیص حساسیت بیش از حد سل باکتری منفی و افراد سل و غیره می باشد.

کیت های تشخیص سریال سل و مایکوباکتریوم:

مورد شماره	نام محصول	محتوای تست محصول	نوع نمونه	مدل قابل اجرا
HWTS-3012	عامل رهاسازی نمونه	مورد استفاده در درمان مایع سازی نمونه های خلط، دارای رکورد درجه یک، Sutong Machinery Equipment 20230047 است.	خلط
HWTS-NGS-P00021	کیت تشخیص کمیت Qualcomm برای سل بیش از حد حساس (روش ضبط پروب)	تشخیص حساسیت غیر تهاجمی (بیوپسی مایع) برای سل ریوی با باکتری منفی و گره های مغزی.نمونه افراد مشکوک به آلوده شدن به سل یا مایکوباکتریوم غیر سلی با متاژنومیکس توالی یابی با عمق بالا و اطلاعات تشخیص آلوده بودن مایکوباکتریوم سل یا غیر سل و اطلاعات اصلی مقاومت دارویی خط اول مایکوباکتریوم توبرکلوزیس مورد تجزیه و تحلیل قرار گرفت. ارائه شدند.	خون محیطی، مایع لاواژ آلوئولی، هیدروتوراکس و آسیت، نمونه فوکوس پانکچر، مایع مغزی نخاعی.	نسل دوم
HWTS-NGS-T001	کیت تایپ مایکوباکتریوم و تشخیص مقاومت دارویی (روش توالی یابی تقویت چندگانه)	تست تایپ مایکوباکتریوم شامل MTBC و 187 NTM；تشخیص مقاومت دارویی مایکوباکتریوم توبرکلوزیس 13 دارو و 16 محل جهش هسته ژن های مقاومت دارویی را پوشش می دهد.	خلط، مایع لاواژ آلوئولار، هیدروتوراکس و آسیت، نمونه فوکوس پانکچر، مایع مغزی نخاعی.	پلت فرم دوگانه نسل دوم/سوم

نکات مهم: کیت تشخیص تایپ و مقاومت دارویی مایکوباکتریوم HWTS-NGS-T001 (روش تقویت مولتی پلکس)

معرفی محصول

این محصول بر اساس داروهای خط اول و دوم اصلی شرح داده شده در دستورالعمل های درمان سل WHO، ماکرولیدها و آمینوگلیکوزیدهایی است که معمولاً در دستورالعمل های درمان NTM استفاده می شوند، و سایت های مقاومت دارویی همه یک گروه از مکان های مرتبط با مقاومت دارویی را پوشش می دهند. کاتالوگ جهش مجتمع مایکوباکتریوم توبرکلوزیس WHO، و همچنین سایر ژن‌های مقاومت دارویی و سایت‌های جهش گزارش‌شده با توجه به تحقیقات و آمار متون با امتیاز بالا در داخل و خارج از کشور.

شناسایی تایپ بر اساس سویه‌های NTM خلاصه شده در دستورالعمل‌های NTM منتشر شده توسط مجله چینی سل و بیماری‌های تنفسی و اجماع کارشناسان است.پرایمرهای تایپ طراحی شده می توانند بیش از 190 گونه NTM را تقویت، توالی و حاشیه نویسی کنند.

از طریق فناوری تکثیر Multiplex PCR هدفمند، ژن‌های ژنوتیپ‌کننده و ژن‌های مقاوم به دارو مایکوباکتریوم توسط Multiplex PCR تکثیر شدند و ترکیب آمپلیکونی از ژن‌های هدف به دست آمد.محصولات تقویت‌شده را می‌توان در کتابخانه‌های توالی‌یابی با توان بالای نسل دوم یا نسل سوم ساخت و تمام پلتفرم‌های توالی‌یابی نسل دوم و نسل سوم را می‌توان در معرض توالی‌یابی با عمق بالا قرار داد تا اطلاعات توالی ژن‌های هدف را بدست آورد.با مقایسه با جهش های شناخته شده موجود در پایگاه داده مرجع داخلی (شامل کاتالوگ جهش مجتمع مایکوباکتریوم توبرکلوزیس WHO و ارتباط آن با مقاومت دارویی)، جهش های مربوط به مقاومت دارویی یا حساسیت داروهای ضد سل مشخص شد.در ترکیب با محلول درمان نمونه خلط خود باز شده Macro & Micro-Test، مشکل راندمان تقویت اسید نوکلئیک پایین نمونه های خلط بالینی (ده برابر بیشتر از روش های سنتی) حل شد تا بتوان توالی یابی مقاومت دارویی را تشخیص داد. به طور مستقیم در نمونه های خلط بالینی اعمال می شود.

محدوده تشخیص محصول

34ژن های مرتبط با مقاومت دارویی18داروهای ضد سل و6مواد مخدر NTM شناسایی شد، پوشش297سایت های مقاومت دارویی؛ده نوع مایکوباکتریوم توبرکلوزیس و بیشتر از190انواع NTM شناسایی شد.

جدول 1: اطلاعات 18+6 دارو +190+NTM

مزیت محصول

سازگاری بالینی قوی: نمونه های خلط را می توان مستقیماً با عامل خود مایع سازی بدون کشت شناسایی کرد.

عملیات آزمایشی ساده است: دور اول عملیات تقویت ساده است و ساخت کتابخانه در 3 ساعت به پایان می رسد، که راندمان کار را بهبود می بخشد.

تایپ جامع و مقاومت دارویی: پوشش مکان‌های تایپ و مقاومت دارویی MTB و NTM که نکات کلیدی نگرانی بالینی هستند، تایپ دقیق و تشخیص مقاومت دارویی، پشتیبانی از نرم‌افزار تجزیه و تحلیل مستقل و تولید گزارش تجزیه و تحلیل با یک کلیک.

سازگاری: سازگاری محصول، انطباق با سیستم عامل های اصلی ILM و MGI/ONT.

مشخصات محصول

کد محصول	نام محصول	پلت فرم تشخیص	مشخصات فنی
HWTS-NGS-T001	کیت تایپ مایکوباکتریوم و تشخیص مقاومت دارویی (روش تقویت مولتی پلکس)	ONT، Illumina، MGI، Salus pro	16/96rxn